“Shogun” este plasat în Japonia feudală din anii 1600, în zorii bătăliei de la Sekigahara. În timp ce asediul inamicului se apropie de Lordul Yoshii Toranaga, cel mai puternic comandant militar din perioada Sengoku, un navigator britanic pe nume James Blackthorne, care vine cu secrete ce l-ar putea salva din situația sa, plutește în derivă pe teritoriul său.
Toranaga îi ordonă lui Mariko, o nobilă religioasă misterioasă care știe să vorbească engleza, să traducă pentru Blackthorne (care mai târziu va fi cunoscut sub numele de Anjin) și o legătură începe să se formeze între cei doi. Pe măsură ce războiul continuă, destinele lor se întrepătrund în timp ce navighează printre acest peisaj politic perfid, fiind în același timp prinși într-o luptă pentru putere între doi dintre cei mai puternici daimyo.